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山西周遇吉投降之后，陕西的秦王也送了世子至京城，既是履行之前与方原的婚约，也是送上了质子，并表示陕西愿意接受方原委派总督或是巡抚前来主持军政事务。
随着陕西，山西的投降，整个关内两京十三省，除了流寇盘踞的四川，处于自治状态的西南几省，方原已统一大半个中国。
方原对全国的军政系统进行了大幅调整，之前明朝是卫所制、军田制。这种卫所制，军田制，长久以来，早已成了卫所指挥使吃空饷的自留地，完全不足以应付外来敌寇的侵袭，必须做出重大的调整。
方原决定采用穿越前的大军区和地方武警部队并存的军队体系。
所谓的大军区制，就是在全国之内设五大军区：北部军区、东部军区、西部军区、南部军区、中部军区。
北部军区辖区东北、蒙古、山西，辖宣府、大同、蓟镇、山海关、东江镇的防务，总兵力十五万。因满清、蒙古还未归顺，北部军区驻所暂时设在京畿。
北部军区第一任司令赤古台，副司令周遇吉，四个总兵，山海关总兵吴三桂、大同总兵姜镶、东江镇总兵张英、赵全忠，监军唐通。
东部军区管辖南直隶、山东、浙江一京二省的防务，总兵力六万，下辖一支火炮航母编队，两百艘战舰。陆师驻所在扬州，水师住所在舟山海军基地和威海卫。主要负责大明一京二省沿海的安全，和对朝鲜国、日本国海路的控制。
东部军区第一任司令施琅，副司令原火炮营统领李宗泽，南直隶、山东、浙江一京二省总兵，监军是王承恩的义子，太监林同。
西部战区，管辖西南湖广、四川、云南、贵州四省防务，总兵力十五万。
西部军区第一任司令甘辉，副司令原后勤营统领侯承祖，辖白广恩、徐诚、高元爵、贺锦四个总兵，监军马一山的弟弟马立。
南部军区，管辖福建、广东、广西三省，以及如吕宋等南海周边诸国，总兵力十万。
南部军区第一任司令秦展，副司令施福，辖福建、广东、台湾、广西诸总兵，监军陈鼎。
中部军区，管辖凤阳、河南，一京一省，总兵力五万。
中部军区第一任司令郑芝豹，副司令李岩，辖凤阳、河南诸总兵，监军原沧浪亭锦衣卫千户李勤。
在这五大军区之外，方原还外设一个京畿军区和一个宣慰军区。
宣慰军区暂由秦王朱存极主持西北军区的相关军事事务，总兵力是四万秦军，三万肃王的军队。主要对陕西、甘肃、青海、新疆、西藏等西北、西南部分地区的控制和维稳。
对这一块敏感区域的统治，方原可以选择成立自治区的形式，由当地土司、宗教自治。但当地必须接受明朝委派官员进行督导，部分军事要塞由明朝驻军，这是一条红线。若这红线谈不拢，便只能进行军事征讨。
要彻底将这些少民聚集区域纳入大明的管理体系，必须经过长期的同化，绝非一朝一夕之功。只要能委派官员、军队入驻新疆、西藏，已是新中国成立之前，对新疆、西藏最有效的管理。
京畿军区则是护卫北京城的直属军区。京畿军区总兵力七万，军区司令景杰，副司令周奎，辖赵林、郝摇旗、刘一良、苏红玉三个总兵。
配备两万玄甲铁骑，由前骑兵营副统领赵林统率；五万步战营的精锐，扩编后的一万特战军，由总兵郝摇旗统领；还有最精锐的坦克营，一千人，由刘一良统帅；无人机战队一千人，由苏红玉统帅。
京畿军区军队数量虽不算多，但却是全天下装备最精良，兵源素质最优良的精锐部队，足以应付任何军区的突发情况。
七大军区共有职业野战军六十五万，按照每个军士五两银子的月饷，每年单单这块军费就是三千万两。
这一大笔军费支出，方原采用了军田粮食、月饷混合支付的方式。在各省内，方原一共充公了两千万亩土地用作军田。打破了明朝之前实行的军田制，而将军田实行统一军事管理。
每亩军田每年产值一两银子，也可以解决两千万两的军费，余下的一千万两银子的军费由政府财政来承担。
除了七大军区的编制，还有地方武警部队的编制。这部分非职业军人，主要负责地方突发事件的应急处置。
经过对卫所的裁减整合，全国范围内一共留存了两百个卫所。一个卫两千人，一个所一千人，全国卫所的军队有三十万人。
每人月饷比照二两银子的标准，每年需要六百万两银子。这部分费用就是六百万两银子。
经过整编后的军费总开支是每年一千六百万两。
方原整改后的财政收入，每年市舶税一千一百万两，商税六百万两，农业税五百万两。每年的政府收入达到了二千二百万两。
扣去一千六百万两的军费，三百万两的行政费用，一百二十万两的皇宫用度，每年还有盈余一，两百万两用作应急经费。
其中还不算彩票销售、化纤丝绸，每年五百万两以上的收入。经过这些年不断的改良，方原终于在不加田赋，甚至还减免了田赋的前提下，彻底扭转了大明之前每年一千万两银子的财政赤字。
方原将每年的预算收支、盈余交给崇祯过目，崇祯看了一会还有盈余的账目，方原竟能不靠加赋就扭转了财政赤字，内心的触动是无以复加，微闭双眼，叹声道，“驸马，看了你的赋税来源，原来市舶税、商税可以征收这么一大笔，朕要是有这笔银子，哪里还会去增收田赋，引起天下大乱。朕之前的勤政不过是在胡乱折腾，唉！”
方原正容道，“陛下在京城里，所见所闻全是那些官员想令陛下听到，见到的。他们自然不会告诉陛下，每年侵吞大明财政的市舶税、商税是多大的一笔银子，只会忽悠陛下一味的加辽饷，官逼民反。”
崇祯再叹了一声，默然不语。
方原又说道，“臣来拜见陛下，还有一件要事相商，须陛下御批。”
崇祯愕然问道，“驸马有何事？”
方原缓缓的说道，“就是未来大明国都的问题，到底是北京、南京，还是中京凤阳。”