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方原安抚了所有官员、士绅、富商、百姓后，在应天府府衙留驻了下来。
五日间，秦展所率的锦衣卫效率非常的高，审查吕大器勾结钱谦益一案已有了实据，从吕大器的府里搜出了大量和钱谦益的通信。在三封通信上，确实有涉及南京城联系尼德兰人购买火炮、火器的消息。还有一封信的内容更为火爆，就在之前松平信纲率倭兵入侵时，钱谦益曾递交书信给吕大器，要求南京城配合倭兵入侵的行动，出兵攻打常州、镇江二府。
这几封私人书信一出来，本还以清流自居的吕大器通红毛子、通倭的罪行是证据确凿，根本无需再令吕大器画押，便可以定罪。
秦展令锦衣卫书写好罪状，直接呈到了方原的面前。因吕大器只有通倭的书信，并没有付诸实施，而且此人素无大恶，历史上也没有投降满清的劣迹。
方原也就酌情留了他一命，判了吕大器全族三百口人全流放至福建。既然吕大器和钱谦益交好，那就带着家人去福建和钱谦益团聚吧！
惩处了勾结钱谦益的吕大器，端正了南京衙门的官风后，方原又将信访制度引入了南京城，像南京城这种百万人口以上的江南第一重镇，直接派驻了三百锦衣卫进程进行监控。
经过半个月的全面接管工作，南京城无论军政事务，还是商业活动，百姓的民生都已彻底恢复了正常，大街上也再见不到半点战争后的痕迹。
方原在顺利的接管了南京城后，就将目光对准了南京城唯一的军事力量威胁-南京城南一百里采石矶驻扎的六、七万马、刘联军。这支联军数量不少，离南京城太近，只需要两日就能杀到南京城下，乃是心腹之患，不能不定点剿灭。
之前方原令赵全忠埋伏了五千骑兵在南京城到采石矶的要道上，以待马士英、刘良佐趁机攻打南京城。但他却高估了马、刘二人的勇气，赵全忠的五千玄甲铁骑等了三日三夜，也没见到一个北上的明军，只能无奈的退回了南京城复命。
对付这支不同归属的联军，方原决定采用分化为主，军事施压为辅的策略。马士英是个典型的死硬顽固派，不指望他会回心转意，公关的主要目标就放在无论是之前，还是历史上，都在摇摆不定的军阀刘良佐身上。
方原先是派出了赵全忠的五千玄甲铁骑，还有冯廷的五千步战营军士，行军至离采石矶二十里处扎营，驻军不前。
然后派人向驻扎在采石矶的刘良佐发去了劝降书，责令刘良佐的军队十日内接受改编，否则与马士英同罪。
南京城失陷的消息，还有方原的劝降书传到采石矶后，马士英、刘良佐这对盟友之间爆发了激烈的争吵。
马士英严令刘良佐一同出兵，趁着玄甲军在南京城立足未稳，还要分兵驻守龙江码头、龙江造船厂，趁机收复南京城。
而刘良佐却有着自己的小算盘。之前他对马士英言听计从，那是因为马士英掌握着三府的明军，还被任命为南京城的总督，跟着马士英，便能保住自己在池州、徽州的独立地位。
但马士英如今已是丧家之犬，在采石矶的明军不过两万，只有刘良佐一半的兵力，要对抗方原，甚至收复南京城，必须由刘军来当主力，马士英就是拿他的军队来当枪使了。
对于刘良佐这种半割据的军阀来说，因本身的基本盘太小，根本不可能有太远大，不切实际的理想。唯一的想法就是能当几日土霸王算几日，若当不了土霸王，就尽快择主而降，以交换个体面的结局。
刘良佐麾下的四万军队就是他的命根子，也是他赖以生存，谈判的筹码。若再与方原对抗拼了个干干净净，刘良佐连体面投降的机会也没了。
面对方原、左梦庚的两路进攻，刘良佐也知道南直隶是彻底保不住了，留在采石矶，随时可能遭到玄甲军的猛烈打击，不如趁早回池州，保存实力，再与方面周旋投降之事。
他借口马士英在南京城荼毒百姓，受了马士英蒙骗为由，发表了一通冠冕堂皇、义正言辞的演说后，立刻率四万军队回了池州府，甚至还派兵封闭了池州、应天府的边境，以示和马士英划清界限，绝不会和方原为敌的态度。
至于和方原谈判投降的事宜，刘良佐先心存侥幸的提出可以投降，甚至应允按照池州、徽州的土地数量，如实的向方原缴纳田赋。唯一的要求就是保留军队编制，不接受方原的任何改编。
方原所过之处，有两个硬性条件，才会准予投降。
一是军队必须经由玄甲军的挑选后，改编进卫所；二是必须引进信访制度，接受锦衣卫的监控。
刘良佐的这种投降条件，就是想在池州、徽州当个土霸王，方原想都不想便回绝了，再次令山陕商帮带去了消息，答应可以令刘良佐继续担任池州、徽州二州的总兵，但必须交出政务，军队接受改编。
刘良佐一时也不愿轻易的交出兵权，还想再观望观望，至少要等朝廷表明了对南京城失陷的态度，再决定是不是接受方原的改编。
他也就和方原玩起了重病在床的那一套把戏，直接令夫人出面向方原的使者回复，突然中了风，昏迷不醒，以拖延时间。
方原也不去揭穿、催促他，只要他能保持中立，老老实实的呆在池州、徽州，也是方原眼下能接受的局面。
刘良佐的大军撤退之后，马士英在采石矶是独立难支。
进不敢进，长江北岸是十万左军驻扎的和州、滁州；采石矶前就是一万玄甲军封路，出城野战就是去送菜；
退又无处可退，南京城丢了，池州、徽州被刘良佐封了路，实在是无路可退；
驻守采石矶又无军粮供应，两、三万明军的军粮至少三百石，当时从南京城出征时，并未携带多少军粮，军中的军粮只够半月的用度，再撑不料多久。
眼下的马士英可说是叫天天不应，叫地地不灵。江南是不能再呆了，他能想到唯一的去处，就是率明军从长江北上，抵达凤阳府，去和黄得功的明军汇合，再图后进。
马士英花了三天时间，征收了沿岸五百艘渔船，准备趁夜带着采石矶的明军北上，往凤阳府行进。
方原留守在龙江码头的水师统领施福早就派出哨船，得到了采石矶明军异动的消息，立刻报知方原，要不要沿江狙击，全歼准备北上的两、三万明军。
方原沉思了一会，便令施福不要派出战舰狙击，放马士英的明军回凤阳府。只要凤阳府还在，左良玉就不敢觊觎江南，方原才能腾出手南下征服郑家。若左良玉攻占了凤阳府，下一步就是向江南用兵，到时就不能不两线作战。
还是由得马士英、黄得功去和左良玉互咬，终于轮到方原来坐山观虎斗。